Вторая лига в своем нынешнем формате существует с сезона 2014/2015. Из нее можно выйти не только в Первую лигу, но также и в Премьер-лигу. Она проводится в два этапа – осенний и весенний.

Осенью все команды, которые подают заявку на участие в регулярном сезоне, делятся на 10 групп (по 3-4 в каждой из зон – Север, Запад и Юг) и играют один круг из 8-9 матчей. По итогам осени первое  и второе места каждой группы, а также 8 лучших третьих мест остаются во Второй лиге на весну. Весной 28 команд делятся на два дивизиона и играют один круг между собой. По итогам этапа 1-4 места из каждого дивизиона играют между собой. Победители не только гарантируют себе попадание в Первую лигу и возможность побороться за Премьер-лигу, но также становятся участниками Кубка Второй лиги. Проигравшие играют с командами Третьей лиги за право выйти только в Первую лигу.

Также могут пробиться в Первую лигу команды, которые заняли 5-6 места. Для этого им нужно пройти два стыковых матча. Первый – с командами Третьей лиги, второй – с 9-10 местами Первой лиги.

За все время существования Второй лиги всего лишь одна команда выходила из нее в Премьер-лигу – в сезоне 2013/2014 ею стала «Альфа» (РГГМУ), которая на следующий год стала вице-чемпионом СФЛ.

В дивизиональных этапах Второй лиги сезона 2016/2017 победителями своих дивизионов стали «Александр Невский» (ВМИ) и «Вежливые люди» (ВМедА). Однако первым не удалось пробиться даже в Первую лигу из-за двух поражений в стыковых матчах. Наверх вместе с «медиками» также пробились «Snow Kids» (НГУ им. Лесгафта), «Заряд» (Горный университет), «PolySaints» (СПбПУ), «Военная академия связи» (ВАС), «Энергия» (СПбГТИ(ТУ)) и «МирТесен» (СПбГУ). А «Фаруль Kids» (СПбГУГА) вписали в себя историю вторым коллективом, которому удалось пробиться через все стыки в элитный дивизион СФЛ. Кубок Второй лиги завоевали «PolySaints». Представитель этой же команды, Илья Ершов, был признан лучшим игроком регулярного сезона. Приз лучшему вратарю достался Евгению Конколовичу из «Snow Kids». Статуэтку лучшему бомбардиру получил Султан Гамзатов из «InterMed» (СПбМСИ), а лучшего ассистента забрал Максим Вербский из «Александра Невского».